**CURSO**: Análisis Geoespacial, Departamento de Geociencias y Medio
Ambiente, Universidad Nacional de Colombia - sede Medellín\
**Profesor**: Edier Aristizábal
([evaristizabalg\@unal.edu.co](mailto:evaristizabalg@unal.edu.co){.email})\
**Credits**: The content of this notebook is based on
[datascience+](https://datascienceplus.com/spatial-regression-in-r-part-2-inla/)
by Lionel Hertzog, and [Spatial Statistics for Data Science: Theory and
Practice with
R](https://www.paulamoraga.com/book-spatial/sec-geostatisticaldataSPDE.html)

## Bayesian Spatial Varying Coefficient models (Bsvc)

En un modelo Bayesian Spatially Varying Coefficient (SVC), la prior
covariance matrix define cómo se modela la variabilidad y correlación
espacial de los coeficientes en el modelo. La distinción entre una forma
separable y no separable se refiere a cómo se estructura la covarianza
entre las ubicaciones espaciales y las diferentes variables explicativas
en el modelo.

### Forma Separable

En un modelo con covarianza separable, se asume que la matriz de
covarianza espacial se puede descomponer en dos componentes
independientes:

Σ=Σ𝑠⊗Σ𝑐

donde:

Σ𝑠es la matriz de covarianza espacial, que captura la dependencia entre
las ubicaciones geográficas. Σ𝑐es la matriz de covarianza entre los
coeficientes de las variables explicativas. Esto implica que la
dependencia espacial y la correlación entre coeficientes se modelan de
manera independiente, lo que simplifica los cálculos y permite una mayor
flexibilidad en la especificación de cada componente.

### Forma No Separable

En una covarianza no separable, la matriz de covarianza es completamente
general y no se puede descomponer en dos partes independientes:

Σ=𝑓(𝑠,𝑐) donde la dependencia espacial y la correlación entre
coeficientes están intrínsecamente ligadas en una estructura más
compleja. Esto significa que la relación espacial entre los coeficientes
puede depender de la interacción entre las variables explicativas y la
geografía.

Si se asume que la estructura espacial y la correlación entre
coeficientes son independientes, la forma separable es una buena opción.
Si se sospecha que la interacción entre espacio y coeficientes es
fuerte, una forma no separable puede ser más adecuada, aunque con mayor
costo computacional.

Un modelo SVC modela los coeficientes 𝛽𝑘(𝑠) como funciones del espacio:

𝑦(𝑠)=𝑋(𝑠)𝛽(𝑠)+𝜖(𝑠) donde:

𝑦(𝑠) es la variable respuesta en la ubicación . 𝑋(𝑠) es la matriz de
covariables en s. 𝛽(𝑠)=(𝛽1(𝑠),…,𝛽𝐾(𝑠))⊤​ (s))⊤ son los coeficientes
espacialmente variables. 𝜖(𝑠)∼𝑁(0,𝜎2) es el error aleatorio. Los
coeficientes espaciales se modelan como un proceso gaussiano
multivariado (MGP):

𝛽(𝑠)∼𝐺𝑃(𝜇,Σ(𝑠,𝑠′)) donde la matriz de covarianza Σ(s,𝑠′) captura tanto
la correlación espacial como la interdependencia entre los coeficientes.

### Implementación de la Covarianza No Separable

En la forma no separable, la matriz de covarianza Σ(𝑠,𝑠′) se construye
como una matriz general de covarianza bloqueada que captura
simultáneamente la estructura espacial y la correlación entre
coeficientes:

Cada submatriz Σ𝛽𝑖,𝛽𝑗(𝑠,𝑠′) representa la covarianza entre los
coeficientes 𝛽𝑖𝛽𝑗en dos ubicaciones espaciales 𝑠 y 𝑠′. Para definir
estas submatrices, podemos usar un proceso gaussiano multivariado con un
kernel espacial de la forma:

Σ𝛽𝑖,𝛽𝑗(𝑠,𝑠′)=𝜌𝑖𝑗𝐾spatial(𝑠,𝑠′;𝜃𝑠) ) donde:

𝜌𝑖𝑗es el parámetro de correlación entre los coeficientes
𝛽𝑖y𝛽𝑗.𝐾spatial(𝑠,𝑠′;𝜃𝑠) es una función de covarianza espacial (kernel)
con parámetros espaciales 𝜃𝑠, como el kernel exponencial cuadrático
(Matérn 3/2, 5/2, etc.)

```{r}

#Implementación en INLA (SVC Separable)

library(INLA)
library(sp)
library(rgdal)
library(fields)
library(ggplot2)

# 1. Datos simulados
n <- 100
set.seed(123)
coords <- cbind(runif(n, 0, 10), runif(n, 0, 10))
X1 <- rnorm(n)
X2 <- rnorm(n)
y <- 3 + 2 * X1 + 1.5 * X2 + rnorm(n)

# 2. Construcción de la malla para el SPDE
mesh <- inla.mesh.2d(loc = coords, max.edge = c(1, 2), cutoff = 0.1)

# 3. Modelo SPDE para capturar dependencia espacial
spde <- inla.spde2.matern(mesh = mesh, alpha = 2)

# 4. Índices para los efectos aleatorios espaciales
idx <- inla.spde.make.index("spatial.field", n.spde = spde$n.spde, n.group = 2)

# 5. Matriz de predictores y el stack
A <- inla.spde.make.A(mesh = mesh, loc = coords, group = rep(1:2, each = n))

stack <- inla.stack(
  data = list(y = y),
  A = list(A, 1),
  effects = list(
    list(idx = idx),
    data.frame(intercept = 1, X1 = X1, X2 = X2)
  ),
  tag = "estimation"
)

# 6. Modelo con estructura separable
formula <- y ~ -1 + intercept + X1 + X2 +
  f(spatial.field, model = spde, group = spatial.field.group, control.group = list(model = "exchangeable"))

# 7. Ajustar el modelo
result <- inla(
  formula, data = inla.stack.data(stack),
  family = "gaussian",
  control.predictor = list(A = inla.stack.A(stack), compute = TRUE),
  control.compute = list(dic = TRUE, waic = TRUE, cpo = TRUE)
)

summary(result)

```

```{r}
# 1. Definir la matriz de correlación entre coeficientes
rho_prior <- list(initial = log(0.5 / (1 - 0.5)), fixed = FALSE)

# 2. Modelo con estructura no separable
formula_ns <- y ~ -1 + intercept + X1 + X2 +
  f(spatial.field, model = spde, group = spatial.field.group,
    control.group = list(model = "iid", hyper = rho_prior))

# 3. Ajustar el modelo
result_ns <- inla(
  formula_ns, data = inla.stack.data(stack),
  family = "gaussian",
  control.predictor = list(A = inla.stack.A(stack), compute = TRUE),
  control.compute = list(dic = TRUE, waic = TRUE, cpo = TRUE)
)

summary(result_ns)
```

## Gaussian Process Splines dentro de modelos GAM (Generalized Additive Models)

```{r}
library(mgcv)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(gratia)  # Para visualizar resultados GAM

# Generar datos simulados
set.seed(123)
n <- 100
coords <- data.frame(x = runif(n, 0, 10), y = runif(n, 0, 10))
X1 <- rnorm(n)
X2 <- rnorm(n)
y <- 3 + 2 * X1 + 1.5 * X2 + sin(coords$x) + rnorm(n, sd=0.5)

# Unir los datos en un dataframe
data <- data.frame(y, X1, X2, x = coords$x, y = coords$y)

# Modelo GAM con splines espaciales para modelar el efecto espacial
gam_separable <- gam(y ~ X1 + X2 + s(x, y, bs="tp") + s(X1, x, y, bs="tp") + s(X2, x, y, bs="tp"),
                     data = data, method = "REML")

# Resumen del modelo
summary(gam_separable)

# Visualizar los efectos espaciales
draw(gam_separable)
```

s(x, y, bs="tp") modela un efecto espacial global con splines de base
delgada (tp = thin plate splines). s(X1, x, y, bs="tp") y s(X2, x, y,
bs="tp") permiten que los coeficientes de regresión de X1 y X2 varíen
espacialmente. method="REML" usa máxima verosimilitud restringida para
evitar sobreajuste.

Este modelo es eficiente, pero asume que la correlación espacial es
independiente de la correlación entre los coeficientes.

```{r}
# Modelo GAM con interacción espacial no separable
gam_nonseparable <- gam(y ~ s(x, y, bs="tp") + te(X1, x, y, bs=c("tp", "tp")) + te(X2, x, y, bs=c("tp", "tp")),
                        data = data, method = "REML")

# Resumen del modelo
summary(gam_nonseparable)

# Visualizar los efectos espaciales
draw(gam_nonseparable)
```

s(x, y, bs="tp") modela un efecto espacial base. te(X1, x, y, bs=c("tp",
"tp")) usa un tensor de producto que permite que X1 y la localización
interactúen no separablemente. te(X2, x, y, bs=c("tp", "tp")) hace lo
mismo con 𝑋2. Este modelo permite que la variabilidad espacial de los
coeficientes esté correlacionada con la ubicación, lo que lo hace más
flexible.

```{r}
 AIC(gam_separable, gam_nonseparable)

cat("Deviance explained (Separable):", summary(gam_separable)$dev.expl, "\n")
cat("Deviance explained (Non-separable):", summary(gam_nonseparable)$dev.expl, "\n")

# Predicción en una malla espacial
grid <- expand.grid(x = seq(0, 10, length=50), y = seq(0, 10, length=50))
grid$X1 <- 0
grid$X2 <- 0

# Predicciones del modelo no separable
grid$pred_nonseparable <- predict(gam_nonseparable, newdata = grid, type="response")

ggplot(grid, aes(x, y, fill=pred_nonseparable)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis_c() +
  theme_minimal() +
  ggtitle("Efecto Espacial del Modelo No Separable")

```
